- 2001 Au départ à la retraite de Désiré Quiviger, en 2001, l’établissement Saint-François fusionne avec celui de Notre-Dame de Lourdes. Dorénavant, il s’appelle Collège Lycée Saint-François Notre-Dame. C’est André Bouguen qui se charge de ce dossier de 2001 à 2008, dossier préparé par les anciens Directeurs : Jacques Rivoalan Directeur de Notre-Dame et Désiré Quiviger, représenté par Jean-Yves Le Fur, Directeur par intérim de Saint-François.
- 2004 Construction du bâtiment SEGPA.
Ouverture en collège de la section « HandBall », puis de la section « Football ».
- 2006-2007 Le Self de Notre-Dame de Lourdes est transformé en médiathèque de la ville.
Construction du nouveau CDI, agrandissement du laboratoire de Sciences et reconstruction des vestiaires de sports.
Pour préparer l’accueil de tous les élèves, les locaux de l’internat sont transformés en salles de classe. En janvier 2008, tous les élèves sont scolarisés sur le site de Saint-François.
- 2008 Les bâtiments de Notre-Dame de Lourdes sont fermés. Ils seront vendus à la municipalité après l’incendie de novembre 2009 pour héberger l’Ecole Diwan et la Maison des Associations, appelé « L’Atelier ».
Septembre 2008, Thierry Lavarec est le nouveau chef d’établissement.
- 2009 En lycée, la section européenne Anglais prend corps.
Le nouveau bâtiment administratif sort de terre ; la chapelle reçoit dans les bas-côtés une galerie d’art à vocation pédagogique ; et des aménagements importants sur les cours sont organisés : théâtre de plein air, espaces de jeux sportifs… Dans le même temps, en partenariat avec la municipalité, la Salle des Fêtes, incendiée en novembre 2005, est reconstruite quelques mètres plus loin au bord de la rue du Rétalaire. Elle sera opérationnelle en 2011 et prendra le nom de « L’Arvorik ».
- 2010 Ouverture d’un atelier de sensibilisation à la langue et à la culture chinoises et de la section européenne Anglais en collège qui deviendra un enseignement de type « Langues et cultures européennes » en 2017.
- 2012-2013 De 2012 à 2014, dans les anciens locaux du Sacré-Cœur : création de salles de tennis de table, d’une salle de gymnastique et la réfection du terrain de sport incluant une piste.
Aménagement du RDC du bâtiment 5 en salles multimédia ; un préau est installé en façade.
Ouverture de la section BTS Cinéma audiovisuel, option « montage post-production » suivi en 2016 de deux options supplémentaires « son » et « image ». Pour cela, l’aménagement du bâtiment 2 à gauche de l’allée d’honneur au RDC s’impose ainsi que la construction du Bâtiment « Studio » dans l’ancienne cour des « Minimes ».
- 2014-2015 Le RDC du bâtiment 7 est rénové et s’ouvre sur la cour, face au théâtre de plein air pour accueillir l’Animation. De même, le RDC du bâtiment 6 est transformé ; un préau est construit en façade.
La cour devant la chapelle est réaménagée : casiers, bancs, espaces paysagés…
- 2016 Depuis septembre 2016, François Boulic est le nouveau Directeur. Le bâtiment d’entrée est totalement rénové pour accueillir au RDC l’infirmerie, un bloc sanitaire et deux classes à l’étage.
En 2017, à la demande de la Direction Diocésaine, François Boulic prend également la Direction du lycée du Cleusmeur.
